Medine-i Münevvere’nin kuzeybatısındaki Vebere haresinde ve Mescid-i Nebevi’nin 5 km. uzağında yer almaktadır. İlk adı, içinde bulunduğu kabile bölgesinden dolayı Benî Seleme Mescidi iken Rasülü Ekrem’in burada öğle namazını kıldırdığı sırada kıblenin Kudüs’deki Mescid-i Aksâ’dan Kabe’ye çevrilmesi üzerine “iki kıbleli mescid” manasına gelen “Mescid-i Kıbleteyn” adını almıştır.
İslamiyetin ilk yıllarında kıble, Kudüs’deki Mescid-i Aksâ idi. Peygamber Efendimiz ve ona iman edenler Mekke döneminde olduğu gibi hicretten sonra da an altı veya on yedi ay Kudüs’deki Mescid-i Aksâ istikametine dönerek namazlarını eda ediyorlardı.Mescid-i Nebevî ile Mescid-i Kubâ’nın mihrapları buraya yönelik olarak yapılmıştı. Fakat Rasülüllah (s.a.v.) Efendimiz Kudüs’e yönelerek namaz kılmakla beraber, içinde hep Kabe-i
Muazzama’ya yönelmek arzusu vardı. Bu hususta dua ediyor ve vahyin gelmesini arzu ediyordu.
Medine’de Yahudiler de yaşıyordu… Onların da kıblesi Kudüs… Bundan Yahudiler kendilerine pay çıkarttılar.
“Ne acaib iştir! Dini bizden ayrı, fakat kıblesi bizim gibi!” sözler sarfediyorlardı. Bu sözler Resulullah efendimize kadar geldi. Bu söylentilerden, kalb-i şerifleri incindi. Bir gün Cebrail aleyhisselam geldiğinde, ona buyurdular ki: “Ey Cebrail! Allahü teâlânın,
yüzümü, Yahudilerin kıblesinden Kabe’ye çevirmesini arzu ediyorum.”
Cebrail aleyhisselam da; “Ben, ancak bir kulum. Bunu, Allahü teâlâdan niyaz et!” diye cevap verdi.
Hicretten 18 ay kadar sonra Şaban ayının 15. günü Rasülüllah (s.a.v.) Seleme Oğulları yurdundaki bu mescidde öğle namazını kıldırıyordu. Namazın iki rekatı eda edilmişti ki, kıblenin çevrilmesi ile alakalı aşağıdaki ayet-i kerime nazil oldu.
قال الله تعالى : قد نرى تقلب وجهك فى السماء فلنولينك قبلة ترضاها
فول وجهك شطرالمسجدالحرام وحيث ما كنتم فولوا وجوهكم شطره .
“Yüzünün gök yüzüne çevrilmekte olduğunu görüyoruz. Seni elbette hoşlanacağın kıbleye döndüreceğiz. O halde yüzünü hemen Mescid-i Haram’a doğru çevir. Ey müminler, yüzlerinizi onun yönüne çevirin.” (Bakara, 144)
Peygamber Efendimiz yönünü Beyt-i Makdis’den Kabe-i Muazzama’ya çevirdi. Cemaat da safları ile birlikte döndüler ve son iki rekatı Kabe’ye doğru kıldılar. Bundan dolayı bu mescide “Mescid-i Kıbleteyn” (iki kıbleli mescid) denilmiştir.
Bu değişiklik her tarafta duyuldu. Karalamak için bahane arayan Yahudiler ve onun gerisinde saklı münafıklar hemen ortaya atıldılar:
– Önce bir yöne sonra başka yöne, bu ne demek? Ve devam ettiler:
“Eğer bizim kıblemizde kalsaydı, kitaplarımızda geleceği haber verilen peygamber O’dur derdik”
Bu söze kendileri de aslında inanmıyorlardı. Maksatları zihinleri karıştırmaktı… Pek ala onlar da biliyordu ki, Resulullah kitaplarında bildirilen Peygamberdi. Fakat kabul etmediler.
Çünkü kendilerinden değildi… Bunu hazmedemediler.
Namazdan sonra Eshabı kiramdan bazıları sordu:
– Ey Allahın Resulü! Ya bizim bu zamana kadar kıldığımız namazlar ne olacak?
Cevap ayet-i kerimeymle geldi:
“Allah sizin imanınızı (namazlarınızı) zayi etmez!”
Ömer b. Abdülaziz, Medine valiliği sırasında Mescid-i Kıbleteyn de dahil olmak üzere Rasulullah Efendimiz’in namaz kıldığı bütün mescidleri yenilemiştir.9 Memlük Sultanı Kayıtbay zamanında tavanı yenilenmiş, avlusu da bir duvarla çevrilmiştir.
Mescid-i Kıbleteyn’in ilk ciddi imarı Kanuni Sultan Süleyman devrinde 1543-44’te gerçekleştirilmiştir. Bu dönemde cami iki kıblesinde de yer alan revaklarla birlikte 425 m2 lik bir alanı kaplıyordu ve üzeri daha önce olduğu gibi ahşap bir çatıyla örtülmüştü.
1987’de Suudi Hükümeti tarafından genişletilerek yeniden inşa edilmiştir. Caminin içi modern tarzda süsleme motifleriyle ve Türk hattatı Hasan Çelebi’nin yazdığı celî sülüs ve kûfî hatlarla bezenmiştir